Колекція безхребетних тварин вміщує переважно матеріали, зібрані на заході України протягом останніх 55 років (екто- та ендопаразити риб, пухоїди, пір'яні, мезостигматичні і панцирні кліщі, колемболи, протури, хижі нематоди і багатоніжки, ногохвістки). Планомірні дослідження безхребетних тварин розпочалися в музеї з 60-х років ХХ ст., коли був створений відділ паразитології д.б.н. О.Кулаківською.
За одиницю зберігання прийнято постійний мікропрепарат, мокрий або сухий препарати, розміщені у спеціально пристосованих шафах на лотках, у матеріальних баночках або пробірках та коробках.
Куратор фонду безхребетних тварин - Капрусь І.Я.
Зберігач фонду безхребетних тварин - Гуштан Г.Г.
