Колекція протур у музеї почала формуватися на основі матеріалів з території України, зібраних українськими, польськими та російськими грунтовими зоологами, та переданих на опрацювання в Інститут систематики та еволюції тварин ПАН (Краків. Польща). Частина мікропрепаратів була любязно передана в музей проф. А. Шептицьким у 2005 році. На даний час у музейній колекції зберігається типовий матеріал 17 видів протур, головним чином з Далекого Сходу та Сибіру Російської Федерації, а також з України та Франції.
Відділ Hexapoda Latreille, 1825
Клас Protura Silvestri, 1907
Ряд Acerentomata Yin, 1996
Родина Acerentomidae Silvestri, 1907
Рід Acerentomon Silvestri, 1907
Acerentomon szeptyckii Shrubovych, 2009
Рід Acerentulus Berlese, 1908
Acerentulus charrieri Shrubovych, Schneider, D'Haese, 2012
Рід Baculentulus Tuxen, 1977
Baculentulus pomorskii Shrubovych, 2010
Baculentulus potapovi Shrubovych, 2010
Рід Gracilentulus Tuxen, 1963
Gracilentulus sarmaticus Shrubovych & Szeptycki, 2008
Рід Nipponentomon Imadaté & Yosii, 1959
Nipponentomon jaceki Shrubovych, 2009
Nipponentomon taiga Shrubovych, 2013
Рід Noldo Szeptycki, 1988
Noldo kaprusii Shrubovych & Szeptycki, 2006
Рід Sugaentulus Imadaté, 1978
Sugaentulus andrzei Shrubovych & Rusek, 2010
Рід Tuxenentulus Imadaté, 1973
Tuxenentulus solncevae Shrubovych & Bernard, 2013
Рід Verrucoentomon Rusek, 1974
Verrucoentomon anatoli Shrubovych & Bernard, 2012
Verrucoentomon louisanne Shrubovych & Bernard, 2012
Рід Yavanna Szeptycki, 1988
Yavanna baikalica Shrubovych, Rusek & Bernard, 2012
Yavanna chimitovae Shrubovych, Rusek & Bernard, 2012
Yavanna babenkoi Shrubovych, Rusek & Bernard, 2012
Yavanna stebaevae Shrubovych, Rusek & Bernard, 2012
Ряд Eosentomata Yin, 1996
Родина Eosentomidae Berlese, 1909
Рід Eosentomon Berlese, 1908
Eosentomon scytha Shrubovych & Szeptycki, 2008
