Лабораторія зоології хребетних
- Бокотей А.А., Соколов Н.Ю. Каталог орнітологічної колекції Державного природознавчого музею. – Львів, 2000. – 164 с.
- Фесенко Г.В., Бокотей А.А. Птахи фауни України. – Київ, 2002. – 416 с.
- Бокотей А. та ін. Охорона білого лелеки: досвід Польщі і України. – Сєдльце-Львів, 2004. – 16 с.
- Шульц-Гузяк Д. та ін. Освітня програма "Лелека". – Львів, 2006. – 66 с.
- Фесенко Г.В., Бокотей А.А. Анотований список українських наукових назв птахів фауни України (з характеристикою статусу видів). – Київ-Львів, 2007. – 112 с. – ISBN 966-8734-08-4
- Бокотей А.А, Дзюбенко Н.В. Чорний лелека в Україні. – Львів, 2007. – 17 с.
- Бокотей А.А. та ін. Гніздова орнітофауна басейну Верхнього Дністра. – Львів, 2010. – 400 с.
- Бокотей А.А. та ін. Охорона білого лелеки в Польщі, Україні та Білорусі. – Львів-Сєдльце-Брест, 2010. – 16 с. – ISBN978-966-2501-00-1
- Бокотей А.А. та ін. Біологічне різноманіття басейну Верхнього Дністра та проблеми його збереження. – Київ: Органік Прінт, 2011. – 72 с.
- Бокотей А.А. та ін. Лелеки, люди і енергетика: вирішення проблеми. – Львів, 2011. – 32 с.
- Bokotej A., Dziubenko N. Badania i ochrona bociana czarnego Ciconia nigra (L.) na Ukrainie // Roczniki Bieszczadzkie. – 2012. – T 20. – S. 146-155.
- Бокотей А., Дзюбенко Н., Дмитренок М., Самусенко І. Охорона чорного лелеки в Україні та Білорусі. – Львів-Мінськ, 2014. – 26 с.
- Бокотей А. А., Дзюбенко Н. В. Освітня програма „Лелека”. – Львів, 2014. – 68 с.
- Konovalov A., Kaldma K., Bokotey A., Brossault P., Chapalain F., Dmitrenok M., Dzyubenko N., Sellis U., Strazds M., Strenna L., Treinys R., Zielinski P., Vali U. Spatio-temporal variation in nestling sex ratio among the Black Stork Ciconia nigra populations across Europe // Journal of Ornithology, 2015. – Vol. 156. – Р. 381-387.
- Bokotey A., Strus Iu., Dzubenko N. Nesting habitats of Black Stork in Ukrainian forest zone (Polissia) revealed by an overlay analysis in GIS // Наукові записки ДПМ. – 2017. – Т. 33. – С. 23-32.
