Західноукраїнське орнітологічне товариство (ЗУОТ) засноване 2 лютого 1984 р. Товариство здійснює наукові дослідження, освітню та природоохоронну діяльність в межах всієї держави. Його членами є понад 120 осіб як професійних орнітологів, так і орнітологів-аматорів з усієї України.
З 1992 року, на підставі угоди про співпрацю, в одному з приміщень музею працює офіс ЗУОТ. В ньому зберігається Громадська орнітологічна бібліотека, яка налічує понад 12 тис. книг і журналів з орнітології з цілого світу, Банк даних про гнізда і кладки 223 видів птахів з усієї України (понад 22 тис. анкет), матеріали Української орнітофауністичної комісії, яка збирає і оцінює інформацію про рідкісні види птахів в Україні (близько 1,5 тис. анкет), Архів товариства, де зберігаються матеріали про діяльність членів товариства і зібрані ними матеріали про птахів.
У співпраці з музеєм були проведені 10 наукових конференцій Товариства, 14 шкіл-семінарів молодих орнітологів України, 25 річних зборів членів ЗУОТ у Львові.
За співпраці ЗУОТ та ДПМ були зібрані матеріали для Атласу зимової і гніздової орнітофауни Львова – 1993-1994 рр. та 2005-2007 рр.
З 2004 року, за підтримки Фонду «Ciconia» (Ліхтенштейн), спільно товариством і Музеєм реалізується проект охорони білого та чорного лелек в Україні. Результатами такої співпраці є:
- Створення і реалізація «Освітньої програми «Лелека» для школярів, за якою працюють понад 300 шкіл з 22 областей України. В рамках програми видано 7 інформаційних бюлетенів за підсумками роботи, проведеної кожного року.
- «Програма охорони чорного лелеки», за якою вперше для України був проведений перепис гнізд цього виду, встановлено 30 штучних платформ для гнізд з метою охорони виду та видана науково-популярна брошура, плакат і наклейка. Закільцьовано 176 пташенят чорного лелеки з метою вивчення його міграцій.
- «Програма охорони білого лелеки», за якою спільно з енергетичними службами встановлюються штучні платформи під гнізда білого лелеки розташовані на опорах ЛЕП, з метою запобігання загибелі птахів від ураження струмом. На кінець 2013 року встановлено 1,5 тисячі платформ у 8 областях України. Видано дві науково-популярні брошури, плакат, значок і наклейку.
За співпраці ЗУОТ та Музеєм виконуються госпдоговірні теми «Оцінка стану фауни та флори території, призначеної для будівництва вітрової електростанції (ВЕС), і прогноз можливого впливу її будівництва на тварин і рослини та місця їх проживання» та «Оцінка впливу ліній електропередач (ЛЕП) на орнітофауну і розробка заходів запобігання загибелі птахів та аварій на електролініях».
Товариство за підтримки музею видає «Праці ЗУОТ «Troglodyes». За фінансової підтримки Товариства був виданий 14 том "Наукових записок ДПМ НАН України" (1998 р.).
Члени товариства беруть активну участь в конференціях, семінарах та акціях, які проводить музей. Завдяки членам товариства поповнюється колекція птахів музею.
